Основная цель деятельности Профсоюза — представительство и защита индивидуальных, коллективных социально-трудовых, профессиональных, экономических и иных прав и интересов работников здравоохранения.
Профсоюз независим от органов исполнительной власти и местного самоуправления, работодателей, их объединений, политических партий и других общественных объединений, не подотчетен им и неподконтролен. Взаимоотношения с ними строит на основе социального партнерства, диалога и сотрудничества.

Профсоюз работников здравоохранения Российской Федерации является членской организацией:
- С 1990 года Федерации Независимых Профсоюзов России (ФНПР)
- С 1993 года Ассоциации профсоюзов работников непроизводственной сферы РФ
- С 1994 года Международной конфедерации профсоюзов работников здравоохранения (МКПРЗ) (ранее — Всесоюзная федерация профсоюзов работников здравоохранения — ВФПРЗ)
- С 1996 года Интернационала Общественного Обслуживания
- С 2009 года Европейской Федерации профсоюзов общественного обслуживания